Vairākas ASV federālās aģentūras ir sākušas izmeklēšanas pret Morgan Stanley par klientu pārbaudi attiecībā uz naudas atmazgāšanas riskiem. Izmeklēšanā ir iesaistīti ne tikai Vērtspapīru un biržu komisija (SEC) un Valūtas kontrolieris (OCC), bet arī citas Finanšu ministrijas nodaļas. Galvenā uzmanība tiek pievērsta jautājumam, vai Morgan Stanley pietiekami rūpīgi pārbauda potenciālo klientu identitātes un viņu līdzekļu izcelsmi, kā arī uzrauga viņu finanšu darbības. Īpaši pievērsta uzmanība starptautiskiem bankas klientiem.

Federal Reserve, kuru jau novembrī minēja The Wall Street Journal kā daļu no izmeklēšanas, norādīja bankai, ka tiek apsvērti uzraudzības pasākumi. Morgan Stanley strādā pie to problēmu adresēšanas, ko uzdevušas regulatīvās iestādes. Bijušais izpilddirektors un pašreizējais izpildpadomes priekšsēdētājs Džeimss Gormans uzsver ieguldījumus atbilstībā, tehnoloģijās un mākslīgajā inteliģencē, lai labāk apgūtu naudas plūsmu saistībā ar pārvaldes pakalpojumu biznesu.

Pēc ziņojumiem par paplašinātām izmeklēšanām Morgan Stanley akcija trešdienas pēcpusdienas tirdzniecībā kritās par vairāk nekā 5%. SEC bankai izsniedza sarakstu ar pašreizējiem un bijušajiem klientiem, lai noskaidrotu, kā tie tika pārbaudīti. Tika arī apšaubīts, kāpēc bankas finanšu konsultāciju nodaļa veica darījumus ar dažiem klientiem, kuri tika izslēgti no Morgan Stanley pašu elektroniskās tirdzniecības platformas E*Trade sakarā ar bažām.

Finanšu noziegumu izmeklēšanas tīkls (FinCEN) Finanšu ministrijas sastāvā, kā arī Ārvalstu aktīvu kontroles birojs (OFAC) ir arī pieprasījuši informāciju no Morgan Stanley. Valsts valūtas kontroles birojs (OCC) ir informējis banku par "jautājumu, kas prasa uzmanību", saistībā ar klientu pārbaudēm. Tas sekoja bankas gada revīzijai, kas veltīta naudas atmazgāšanas apkarošanas programmai.

Morgan Stanley pārvaldības vienība kopš 2008.-2009. gada finanšu krīzes ir uzņēmuma stratēģijas centrālais elements. Šī daļa, veidojot aptuveni pusi no uzņēmuma kopējiem ieņēmumiem, nesen ir parādījusi palēnināšanās pazīmes, ar nemainīgiem apgrozījuma rādītājiem ceturtajā ceturksnī salīdzinājumā ar iepriekšējo gadu.