Useampi Yhdysvaltain liittovaltion virasto on aloittanut tutkinnat Morgan Stanleya vastaan asiakkaiden tarkistamiseksi rahanpesuriskien varalta. Tutkintaan osallistuvat muun muassa Arvopaperi- ja pörssikomissio (SEC) ja rahamarkkinavalvoja (OCC), sekä muita valtiovarainministeriön osastoja. Päähuomio on siinä, onko Morgan Stanley riittävästi tarkistanut potentiaalisten asiakkaiden henkilöllisyyksiä ja varallisuuden alkuperää sekä valvonut heidän rahoitusaktiviteettejaan. Erityisesti tutkinnan kohteena ovat pankin kansainväliset asiakkaat.

Federal Reserve, joka jo marraskuussa mainittiin Wall Street Journalissa osana tutkimuksia, on vihjannut pankille, että valvontaoikeudellisia toimia harkitaan. Morgan Stanley työskentelee kohdennetusti, ratkaistakseen sääntelyviranomaisten esiin tuomat ongelmat. Entinen toimitusjohtaja ja nykyinen Executive Chairman James Gorman korosti sijoituksia complianceen, teknologiaan ja tekoälyyn, jotta varainhoitoliiketoimintaan liittyvää rahavirtaa ymmärretään paremmin.

Raporttien mukaan laajentuneista tutkimuksista johtuen Morgan Stanleyn osake laski yli 5% keskiviikon iltapäiväkaupassa. SEC on esittänyt pankille listan nykyisistä ja entisistä asiakkaista tiedustellakseen, miten nämä on tarkastettu. Lisäksi kyseenalaistettiin, miksi pankin varainhoitoyksikkö harjoitti toimintaa joillakin asiakkailla, jotka olivat suljettu pois Morgan Stanleyn omalta digitaaliselta kaupankäyntialustalta E*Trade koskevien huolten vuoksi.

Valtiovarainministeriön Financial Crimes Enforcement Network (FinCEN) ja Office of Foreign Assets Control (OFAC) ovat myös pyytäneet tietoja Morgan Stanleyn toiminnasta. Office of the Comptroller of the Currency (OCC) on ilmoittanut pankille asiakastarkastusten perusteella "huomiota vaativasta seikasta". Tämä seurasi pankin rahanpesun vastaisen ohjelman vuosittaista tarkastusta.

Morgan Stanleyn varainhoitoyksikkö on ollut keskeinen osa yrityksen strategiaa vuoden 2008-09 finanssikriisin jälkeen. Osasto, joka muodostaa noin puolet yrityksen kokonaistuloista, on viime aikoina osoittanut hidastumisen merkkejä, neljännellä neljänneksellä myynti pysyi ennallaan verrattuna edellisvuoteen.